数据挖掘方法用于参与代谢的小分子生物学功能预测研究博士毕业论文(编辑修改稿)

数据挖掘方法用于参与代谢的小分子生物学功能预测研究博士毕业论文(编辑修改稿)内容摘要：

......................... 20 随机森林算法 ........................................................................... 20 贝叶斯网络算法 .................................................................................. 20 集成学习算法 ................................................................................................. 21 Boosting 和 AdaBoost 算法 .................................................................. 22 Bagging 算法 ......................................................................................... 23 特征选择算法 ................................................................................................. 24 mRMR 算法 .......................................................................................... 24 IFS 算法 ................................................................................................. 25 CFS 算法 ............................................................................................... 25 FFS 算法 ................................................................................................ 26 本章小结 ......................................................................................................... 27 上海大学博士学位论文 20xx 年 5 月 XI 第三章 小分子的参数表征研究 ......................................................................... 28 引言 ................................................................................................................. 28 商业软件 ......................................................................................................... 28 HyperChem ............................................................................................ 28 ChemOffice............................................................................................ 30 开源软件 ......................................................................................................... 31 小分子官能团组成 .............................................................................. 31 CDK ....................................................................................................... 33 ChemAxon ........................................................................................................ 34 ChemAxon 及其产品简介 .................................................................... 34 ChemAxon 简介 ......................................................................... 34 Marvin 简介 ................................................................................ 35 JChem 简介 ................................................................................ 36 JChem for Excel 的简介 ....................................................................... 37 Calculator Plugins 的简介 ..................................................................... 38 国内外使用 ChemAxon 的概况 ........................................................... 41 国内使用情况 ........................................................................... 41 国外使用情况 ........................................................................... 42 基于 Calculator Plugins 的二次开发 ................................................... 44 程序的简介 ............................................................................... 44 对计算分子的预处理 ............................................................... 45 程序 的实现原理 ....................................................................... 46 程序的使用方法 ....................................................................... 47 本章小结 ......................................................................................................... 48 第四章 小分子参与代谢途径类型研究 ............................................................. 49 引言 ................................................................................................................. 49 小分子参与脂类代谢途径的子类型预测 ...................................................... 51 研究背景 .............................................................................................. 51 数据 准备 .............................................................................................. 52 结果与讨论 .......................................................................................... 55 特征选择 ................................................................................... 55 模型的建立与评估 ................................................................... 55 特征分析 ................................................................................... 58 小分子参与单途径代谢的类型预测 ............................................................. 59 研究 背景 .............................................................................................. 59 数据准备 .............................................................................................. 61 结果与讨论 .......................................................................................... 63 特征选择 ................................................................................... 63 模型的建立与评估 ................................................................... 66 投票法模型分析 ....................................................................... 68 特征分析 ................................................................................... 70 与使用官能团组成 结果的比较 ............................................... 74 在线预测服务 ...................................................................................... 75 上海大学博士学位论文 20xx 年 5 月 XII 实现在线预测服务的意义 ....................................................... 75 在线预测服务的实现原理 ....................................................... 76 在线预测服务的内容 ............................................................... 77 本章小结 ......................................................................................................... 78 第五章 小分子与酶的相互作用研究 ........................。