综合序列分析软件bioedit(编辑修改稿)

综合序列分析软件bioedit(编辑修改稿)内容摘要：

… |A C G T | A |3 7 3 13 |A | | |Lys Thr Arg Ile | A |1 4 4 6 |C | | |Asn Thr Ser Ile | A |8 1 6 7 |G | 1 | |Lys Thr Arg Met | A |4 3 1 3 |T | | |Asn Thr Ser Ile | ……… 四、 RNA 的比较分析 RNA 的结构定义为核苷酸的碱基的相互作用。 最简单情况下，即螺旋中的碱基对之间的 WaltsonCrick 碱基配对。 RNA 结构的系统发育比较分析方法建立在如下假定上，即在进化中核苷酸改变，但重要的 RNA 二级和三级结构保持不变。 一个可能破坏结构的碱基变化可以由序列中另一处的变化补偿以保持结构稳定。 所以不同物种的同源 RNA 中将包含 “ 补偿碱基变化 ” 或 “ 共变化，协变（ covariation） ”。 所以通过检查来自各个不同生物的同源 RNA ，确定这些 “ 补偿碱基变化 ” ，从而阐明结构。 例如，一给定的序列， GAAGA 将可能与序列中任一UCUUC 配对，而后者可能在序列中出现数次。 如何确定到底是和哪一个配对呢。 可以检查不同生物的同源 RNA 序列，找出 “ 补偿碱基变化 ”。 anism 1 GAAGAUCUUCUCUUCUCUUC anism 2 GAUGAUCUUCUCUGCUCAUC anism 2 GAUGAGCUUCUCUACUCAUC anism 2 GACGAUCUUCUCUGCUCGUC 在此例中，只有最后一个 UCUUC 才可和 GAAGA 配对。 象这样在序列中 2 个位置出现 “ 补偿碱基变化 ” ，被认为是螺旋存在的证据。 两条序列不能形成互补，表明不存在配对。 在 “ 系统发育比较分析 ”中关键是序列联配，同源序列必须适当联配。 此处同源性是严格意义的：同源的核苷酸来自一个共同的祖先。 所以开始时，先使用关系紧密的序列进行联配，这样在序列相似性基础上联配，不需要加入许多联配的空位。 联配后互补序列的 “ 协变 ” 可被立即发现，从而开始构建二级结构 ,然后差异大的序列可以添进联配中。 这样持续添加新序列，进行 “ 协变 ” 分析，直到联配和二级结构模型出现此过程的完全描述。 一旦一个完整的二级结构模型形成， “ 协变 ”分析可以鉴定非螺旋区的核苷酸之间的相互作用以及不规则的相互作用。 之所以可以被鉴定 ,是因为涉及的核苷酸即使不形成规则的碱基配对或是一个螺旋的一部分，也仍一致的变化。 (Covariation) 共变化指序列中两个残基步调一致地变化。 严格地讲即每当联配序列中 x 变化时 ， y 也变化 ， 两者是一致的。 （ 例如 ， 当 x 变为 A ， y 变为 T。 每次 x 变为 A，y 一定变为 T）。 残基间的共变化表明 ， 它们之间一定有重要的相互作用 ， 当重要结构残基突变时 ， 自然选择保留了那些有补偿突变的序列。 共变化的例子 假设我们现有一个联配序列，它表示了几种物种共有的一个特定的 RNA 的保守的结构。 我们希望从联配中包含的信息推测出 RNA 二级结构。 ....|....| ....|....| ....|.... 10 20 sample 1 CCGGAUACGA UCGUCGGGUA CGUAUCCGG sample 2 CCGGAUACUA UCUUGGCGAA AGUAUCUGG sample 3 CGGGAUACGA UCGACGCGUA CGUAUCCCG sample 4 CGCGGUACCA UCCACCCCUA GGUACCGCG sample 5 CCGGAUACGA UCGUCCCGUU CGUAUCCGG sample 6 CCGGAUACGA UCGUCGGGUA CGUAUCCGG sample 7 CCGGACACGA UCGUCGGGUA CGUAUCCGG sample 8 CCAGAUACGA UCGAAACUUU CGUAUCUGG sample 9 CCGGUUACCA UCGUCGGGUA GGUAACCGG sample 9 CCGGAUACGA UCGACAGGAA CGUAUCCGG sample 10 CCGGAUACGA UCGUCCCGUA CGUAUCCGG sample 11 CCGGAUACGA UCGUCGGGUA CGUAUCCGG sample 12 CCUGAUACUA UCGUCGCCUA AGUAUCGGG sample 13 CGGGGUACGA UCGAGGCCUA CGUACCCCG sample 14 CCCGCUACGA UCGAGGCCUU CGUAGCGGG sample 15 CCGGAUACGA UCGAGGCCUU CGUAUCCGG 下面是一个联配的例子 Covariation analysis Input file: I:\BioEdit\help\ Position numbering is relative to the alignment numbering. No mask was used. 1 CCCCCCCCCCCCCCCC Position 2: 2 CCGGCCCCCCCCCGCC 28 GGCCGGGGGGGGGCGG All potential Watson Crick or GU pairs 3 GGGCGGGAGGGGUGCG 4 GGGGGGGGGGGGGGGG Position 5: 5 AAAGAAAAUAAAAGCA 25 UUUCUUUUAUUUUCGU All potential Watson Crick or GU pairs 6 UUUUUUCUUUUUUUUU 7 AAAAAAAAAAAAAAAA 8 CCCCCCCCCCCCCCCC Position 9: 9 GUGCGGGGCGGGUGGG 21 CACGCCCCGCCCACCC All potential Watson Crick or GU pairs 10 AAAAAAAAAAAAAAAA 11 UUUUUUUUUUUUUUUU 12 CCCCCCCCCCCCCCCC 13 GUGCGGGGGGGGGGGG 14 UUAAUUUAUAUUUAAA 15 CGCCCCCACCCCCGGG 16 GGGCCGGAGACGGGGG 17 GCCCCGGCGGCGCCCC 18 GGGCGGGUGGGGCCCC。