第四章生物分子数据库

第四章生物分子数据库内容摘要：

LIST REMARK 999 1ADZ SWS P10646 183 304 NOT IN ATOMS LIST REMARK 999 THE FIRST NINE RESIDUES ARE NOT PART OF THE TFPI DOMAIN II REMARK 999 SEQUENCE BUT ARE FROM THE PFLAG PEPTIDE CLONING VECTOR. DBREF 1ADZ 1 71 SWS P10646 TFPI_HUMAN 112 182 SEQADV 1ADZ ASP 1 SWS P10646 ILE 112 ENGINEERED SEQADV 1ADZ TYR 2 SWS P10646 ILE 113 ENGINEERED SEQRES 1 71 ASP TYR LYS ASP ASP ASP ASP LYS LEU LYS PRO ASP PHE SEQRES 2 71 CYS PHE LEU GLU GLU ASP PRO GLY ILE CYS ARG GLY TYR SEQRES 3 71 ILE THR ARG TYR PHE TYR ASN ASN GLN THR LYS GLN CYS SEQRES 4 71 GLU ARG PHE LYS TYR GLY GLY CYS LEU GLY ASN MET ASN SEQRES 5 71 ASN PHE GLU THR LEU GLU GLU CYS LYS ASN ILE CYS GLU SEQRES 6 71 ASP GLY PRO ASN GLY PHE HELIX 1 1 ASP 12 PHE 15 5 4 HELIX 2 2 ASN 34 THR 36 5 3 HELIX 3 3 LEU 57 ILE 63 1 7 SHEET 1 A 2 ARG 29 ASN 33 0 SHEET 2 A 2 GLN 38 PHE 42 1 N PHE 42 O ARG 29 CRYST1 P 1 1 ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 SCALE1 SCALE2 SCALE3 图 PDB文件 PDB文件 示意 显示分子结构（ RasMol ， ChemView ） MMDB(Molecular Modeling Database)  分子模型 MMDB 是（ NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统 Entrez的一个部分，数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。  与 PDB相比，对于数据库中的每一个生物大分子结构， MMDB具有许多附加的信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等。  还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。 MMDB 实用工 具 第五节 其它生物分子数据库  核酸序列变化 – 单碱基多态性 SNPs（ Single nucleotide polymorphisms）  SNPs对人类遗传学研究和医学应用具有重要的意义 – 无论对于人类种群遗传学的研究，还是对疾病性状分析或个体化医疗，都需要深入地研究 SNPs。 单碱基多态性数据库 dbSNP （ 实例： GTTTGTGATT ACTTTGTAAA AACAGTGTAA TAAGTACTCA CTAAAGGAAA TTTAGAAAAT GATAAGCTTA Aggccgggca tggtgcctca tgcctgtaat cctagcactt tgggaggctg aggtgggtgg atcacctgag ctcaggagtt ccagatcatc ctggacaata tggtgaaacc ctgtctacgc ttaaaatacg R aaattagccg ggcgtggtgg ggcatgcctg tggtctcagc tactttggag actaaggtag aaggatcact tgaatcctgg aggtggaggt tgcagagtga gccaatatcg tgccactgca ctccagccta ggtgacagag gaagactctg tctcaaaaaa aagaaaaTAA GGCCAGACAC GGGGGCTCAT GCTTGTAATC R=A/G 单倍型数据 蛋白质结构分类数据库 SCOP  SCOP数据库 ( 目标是提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述，包括蛋白质结构数据库 PDB中的所有条目。  SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到 PDB的连接，序列，参考文献，结构的图像等。  可以按结构和进化关系对蛋白质分类，分类结果是一个具有层次结构的树，其主要的层次是家族、超家族和折叠 : (1)家族：具有明显的进化关系 (2)超家族：具有远源进化关系，具有共同的进化源 (3)折叠类：主要结构相似 蛋白质二级结构数据库 DSSP  DSSP（ ） 是一个二级结构推导数据库。 – 对生物大分子数据库 PDB中的任何一个蛋白质，根据其三维结构推导出对应的二级结构。  对研究蛋白质序列与蛋白质二级结构及空间结构的关系非常有用  除了二级结构以外， DSSP还包括蛋白质的几何特征及溶剂可及表面。 The DSSP code H = alpha helix B = residue in isolated betabridge E = extended strand, participates in beta ladder G = 3helix (3/10 helix) I = 5 helix (pi helix) T = hydrogen bonded turn S = bend 例： 蛋白质同源序列比对数据库 HSSP  HSSP(）  二级数据库。  数据来源于 PDB，或来源于 SWISSPROT  对于 PDB中的每一个蛋白质， HSSP将与其同源的所有蛋白质序列对比排列起来，从而将相似序列的蛋白质聚集成结构同源的家族。  HSSP有助于分析蛋白质的保守区域，研究蛋白质的进化关系，有助于蛋白质的分子设计。 From PDB From Swissprot 多重序列比对 已知结构 → 未知结构 OMIM  OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man),是关于。