原核生物基因组岛的建模与识别

原核生物基因组岛的建模与识别内容摘要：

否 实验 的可行性分析 1 全基因组测序计划的实行，使我们通过互联网即可拥有可靠的已测序的全基因组数据来源，如 GenBank数据库检索系统：WEB程序及具体的数据、地址可在有关资料上找到，这给了我们开发相关程序很好的参考。 2 基因组岛识别研究的系统方法虽然还属于起步阶段，但基因识别从其初期的到现在已有多年，技术已相当成熟，与之相对应的软件系统开发也很全面、系统。 利用统计学以及机器学习技术改进基因组岛识别的系统的可操作性很强，在我们的研究时段内可以顺利完成。 成果提供形式及初步预实验结果 •现有算法详细列表 算法 论文 Islandpath/DIMOB (2020) William W L Hsiao, Korine Ung, Dana Aeschliman, Jenny Bryan, B Brett Finlay, and Fiona S L Brinkman. Evidence of a large novel gene pool associated with prokaryotic genomic islands. PLoS Ge, 1(5):e62, Nov 2020. 原先是用来协助原核基因岛的识别。 途径是通过可视化 GI的几种共同的特点：例如序列组成偏向 ， tRNA， 整合酶和转座酶。 这些特征可以用于决定GI的位置。 SIGIHMM (2020) Stephan Waack, Oliver K, Roman A, Thomas B, Carsten D, Wolfgang , Katharina S, Peter M, and Rainer M. Scorebased prediction of genomic islands in prokaryotic genomes using hidden markov models. BMC Bioinformatics, 7:142, 2020. 这个算法利用了各分类的密码子使用的显著差异来识别 pA基因和预测它们可能的起源。 （ 用 HMM， Viterbi算法 ,有 高度可靠性） MobilomeFINDER(2020) Mobilomefinder: webbased tools for Insilco and experimental discovery of bacterial genomic islands. Nucleic Acids R。