nuisthpc使用讲座

nuisthpc使用讲座内容摘要：

!/bin/bash PBS S /bin/bash PBS N helloworld PBS P P123456789 PBS q queue Regular PBS l nodes=1:ppn=4 PBS l walltime=00:05:00 cd $PBS_O_WORKDIR ./ amp。 ./ amp。 ./ amp。 ./ 此处需要设计一段等待脚本保持 在所有任务结束之前不退出 如果未等所有任务结束就退出脚本，未结束的任务将失败或变成不可管理的孤儿进程 MPMD(multiple program, multiple data)作业 • OpenMPI !/bin/bash PBS S /bin/bash PBS N HelloWorld PBS P P123456789 PBS q Regular PBS l nodes=2:ppn=12 PBS l walltime=00:05:00 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun app configfile configfile np 8 exe1 arg1 arg2 np 4 exe2 np 12 exe3 MPMD(multiple program, multiple data)作业 • MVAPICH2 !/bin/bash PBS S /bin/bash PBS N HelloWorld PBS P P123456789 PBS q Regular PBS l nodes=2:ppn=12 PBS l walltime=00:05:00 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun config configfile configfile n 8 : exe1 arg1 arg2 n 4 : exe2 n 12 : exe3 关联作业 !/bin/bash job1=`qsub ` job2=`qsub W depend=afterok:$job1 ` job3=`qsub W depend=afterok:$job2 ` job4=`qsub W depend=afterok:$job3 ` exit 0 afterok:JobID : 当指定的作业正常退出 afternotok:JobID ：当指定的作业异常退出 afterany:JobID : 只要指定的作业结束不论正常或异常 作业脚本的额外设置  login shell – CSH – 设置 PBS S /bin/bash可避免出现以下信息（ 需 .bashrc与 .cshrc的设置一致 ）  e file : tput: No value for $TERM and no T specified  o file : Warning: no access to tty (Bad file descriptor). Thus no job control in this shell.  login shell – KSH 1. 设置 PBS S /bin/bash可避免出现以下信息（ 需 .bashrc与 .kshrc的设置一直 ）  /etc/profile[90]: .[5]: .[5]: .[46]: shopt: not found [No such file or directory] 2. 如果需要在作业脚本中使用 module命令，则需在作业脚本开头添加以下命令进行 ksh的环境初始化  39。 . /etc/39。  使用 qsub 提交 KSH的脚本 – 如果需要在作业脚本中使用 module命令，则需在作业脚本开头添加以下命令进行 ksh的环境初始化  39。 . /etc/39。  把。