第七章蛋白质结构预测

第七章蛋白质结构预测内容摘要：

级结构的成核位点和终止位点。 • 扫描输入的氨基酸序列，利用一组规则发现可能成为特定二级结构成核区域的短序列，然后对于成核区域进行扩展，不断扩大成核区域，直到倾向性因子小于。 • 规则： – （ i） α螺旋规则 – （ ii） β折叠规则 – （ iii）转角规则 – (iv) 重叠规则 延伸 成核区 延伸 （ i） α螺旋规则 • 沿蛋白质序列寻找 α螺旋核 –相邻的 6个残基中如果有至少 4个残基倾向于形成α螺旋，则认为是螺旋核。 • 从螺旋核向两端延伸 –直至四肽片段的 α螺旋倾向性因子的平均值{P}。 • 将螺旋两端各去掉 3个残基 –剩余部分若长于 6个残基，而且 {P} ，则预测为螺旋。 延伸 螺旋核 延伸 （ ii） β折叠规则 • 相邻 6个残基中若有 4个倾向于形成 β折叠，则认为是折叠核。 • 折叠核向两端延伸直至 4个残基的平均折叠倾向性因子 {P}。 • 若延伸后的片段的 {P}，则预测为 β折叠。 （ iii）转角规则 • 转角的模型为四肽 四肽片段 Pt的平均值大于 100，并且 Pt 的均值同时大于 P 的均值以及 P 的均值，则可以预测这样连续的 4个残基形成转角。 则可以预测这样连续的 4个氨基酸形成转角。 54321   jjjj ffff (iv) 重叠规则 • 对于螺旋和折叠的重叠区域，按 {Pa}和 {P}的相对大小进行预测 • 若 {Pa}大于 {P}，则预测为螺旋； • 反之，预测为折叠。 (2) GOR方法 • 是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法 • GOR将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理 • GOR方法不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的影响，而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响 序列窗口 中心残基 窗口中各个残基对中心残基二级结构的支持程度 两个事件 S和 R的条件概率 P(S|R) 即在 R发生的条件下， S发生的概率 定义信息为： • 若 S和 R无关，则 I(S。 R)=0 • 若 R的发生有利于 S的发生，则 I(S。 R。