曙光高性能集群系统管理员手册

曙光高性能集群系统管理员手册内容摘要：

算节点 Centos node20 计算节点 Centos node21 计算节点 Centos node22 计算节点 Centos node23 IO 节点 Centos console 管理节点 NA Centos node25 GPU 节点 NA Centos node26 GPU 节点 NA Centos 共享存储 存储规划 协议 存储设备 IO 节点 挂载点 备注 nfs I640 Node23 /public, 通过 IB网和以太网 共享，存储， 共配置 22 块 2TB硬盘，做一个 raid6 nfs Node23 节点 Node23 /public 通过 IB 网共享 ，没有 IB的通过以太网共享 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 6 软件资源列表 分类 软件 名 版本 安装路径 环境变量 调用方式 /pbs 脚本 备注 管理调度 软件 Gridview /opt/gridview 自动添加 web 登录 IB 驱动 ofed .1 /usr clussoft 自动安装 GPU驱动 cuda /usr/local/cuda source /public/software/psh 手动安装 编译器 GNU 编译器 操作系统相应版本 /usr/bin 自动添加 C:gcc C++:g++ F77:g77 F90:gfortran 操作系统自带 /public/software/gcc472 手动添加 C:gcc C++:g++ F77:g77 F90:gfortran 手动安装 Intel编译器 .0 /public/software/intel/poser_xe_2020_sp source /public/software/p.sh C:icc C++:icpc F77:ifort F90:ifort clussoft 自动安装 cmake /public/software/ source /public/software/p.sh 手动安装 数学库 MKL .0 /public/software/intel/poser_xe_2020_spsource /public/software/p.sh ifort/icc ... L/public/software/intel/poser_xe_2020_sp1.intel64 lmkl_intel_lp64 lmkl_sequential lmkl_core ... clussoft 自动安装 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 7 acml /public/software/mathlib/acml510 source /public/software/p source /public/software/p ifort/icc ... /public/software/mathlib/acml510/ifort64/lib lmkl_intel_lp64 „ clussoft 自动安装 fftw2 float /public/software/mathlib/fftw215float clussoft 自动安装 fftw2 double /public/software/mathlib/fftw215double clussoft 自动安装 fftw3 float /public/software/mathlib/fftw331float clussoft 自动安装 fftw3double /public/software/mathlib/fftw331double clussoft 自动安装 fftw3 float /public/software/mathlib/fftw332float 手动安装 fftw3double /public/software/mathlib/fftw332double 手动安装 scalapack /public/software/mathlib/scalapack202 clussoft 自动安装 MPI openmpignu /public/software/mpi/openmpi16gnu source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun np N machinefile machinefile „ clussoft 自动安装 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 8 openmpiintel /public/software/mpi/openmpi16intel source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun np N machinefile machinefile „ clussoft 自动安装 mvapich2gnu /public/software/mpi/mvapich218gnu source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun_rsh np N hostfile machinefile clussoft 自动安装 mvapich2intel /public/software/mpi/mvapich218intel source /public/software/p C： mpicc C++： mpicxx F77： mpif77 F90： mpif90 mpirun_rsh np N hostfile machinefile clussoft 自动安装 应用软件(物理化学 ) cp2k /public/software/cp2kopenmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3double + ScaLAPACK /public/software/pbs/cp2k.pbs clussoft 自动安装 cpmd .3 /public/software/openmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML + FFTW2double /public/software/pbs/cpmd.pbs clussoft 自动安装 nwchem /public/software/openmpi OpenMPIIntel + MKL/ACML /public/software/pbs/nwche clussoft 自动安装 gromacs /public/software/gromacs455openmpi both single and double precision, with OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3 /public/software/pbs/groma clussoft 自动安装 gromacs /public/software/ both single and double precision, with OpenMPIIntel + MKL/ACML+FFTW3 /public/software/pbs/groma 手动安装 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 9 namd /public/software/namd29openmpi OpenMPIIntel + FFTW3float /public/software/pbs/namd.pbs clussoft 自动安装 pymol /public/software/pymol 手动安装 VMD /public/software/VMD 手动安装 vasp /public/software/vasp 手动安装 R .2 /public/software/R 手动安装 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 10 作业队列设置 计算子系统 节点列表 节点描述 节点数 可用作业队列 刀片计算节点(默认 ) node1node22 2*Intel(R) Xeon(R) CPU E52630 6 核 ，64GB 内存 22 blade GPGPU 计算节点 node25node26 2* Intel(R) Xeon(R) CPU E52630 6 核，128GB 内存， 2*Nvidia Tesla C2075 GPGPU卡 2 gpu 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 11 2 使用集群进行计算业务 系统登陆 登陆 IP 地址 管理登陆节点 console 配置有 校内 网络地址 ， 用户可以通过多种登录方式登录集群系统。 命令行终端登录 Windows 用户 可以用 SSH Secure Shell Client， PuTTY， SecureCRT 等 SSH 客户端软件登录。 推荐使用 SSH Secure Shell Client，它集成了 SFTP 文件上传下载功能。 Linux 用户可以直接在 命令行 终端中 执行 ssh 命令进行登录 ： $ ssh username@登录节点 IP地址 文件上传下载 Windows 用户 可以用 SSH Secure Shell Client， winscp 等 软件实现文件的上传下载。 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 12 Linux 操作系统直接使用命令 scp filename test@ip:/home/test 图形界面登录 远程图形界面登录推荐采用 VNC 方式。 第一次使用 VNC 登录前，需要先以命令行终端方式登录到集群登录节点，执行 vncserver 命令，会提示用户输入 VNC 登录密码，输入后会得到一个 VNC 会话，一般是“主机名 :VNC 会话号”格式，如“ console:4”。 Windows 用户推荐使用 RealVNC 软件进行 VNC 远程图形界面登录，登录时输入集群登录节点 IP 地址加 VNC 会话号即可： Linux 用户可以直接在 命令行 终端中 执行 vncviewer 命令进行登录，如 ： vncviewer [登录节点 IP地址 ]:[session number] Gridview Web 登录 用户也可以通过 WEB 方式登入曙光 GridView 集群管理系统， 对集群进行管理、监控、配置和使用等操作。 在 WEB 浏览器的地址栏中输入以下 URL 即可出现登录界面： 登录节点 IP 地址 :6080/gridview_portal 曙光 信息产业（ 北京 ） 有 限公司 13 登入后，如果部分图表显示不正常，请为浏览器安装 FLASH 插件。 编译、安装 OpenMPI 示例 以 OpenMPI 为例： $ tar zxvf $ cd $ ./configure prefix=/public/software/mpi/openmpi16intel enablempirunprefixbydefault withoutpsm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort $ make j 8 amp。 amp。