pymol学习笔记

pymol学习笔记内容摘要：

pymol学习笔记 （一）：简介& 安装一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 写，并且由 责商业发行。 用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。 据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用 制作的。 字的来源：“示该软件基于 个计算机语言，“是英文分子（ 缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。 今天先来说说安装吧。 自 2006 年 8 月 1 日起，事先编译好的 行程序（包括 ）采取限定下载的措施。 目前，只有付费用户可以取得。 不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。 如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1. 如果你是 户，首先下载 源代码。 然后安装 且确保正确安装以下模块： C+ (or g+ 2. 如果你是 户，首先确保以下东东已安装： 用的是 载源代码需要）然后下载 源代码$ co # cd 始依次编译# 安装就搞定了# "No 那么你应该运行# 果你在使用 确保编译 添加了 持，否则运行是会提示错误" No 了，下面我们就可以进入 世界了。 习笔记（二）：基本的鼠标操作这里主要介绍一下 基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。 当你打开 ，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为 2 窗口，上面的外部 口（ 下面的 分为左右两块，左边用来显示结构图像的（右边则是一个内部 口（身包含一个命令行（如图中左下方的示符），可以用来输入 令；在 则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。 个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。 请注意，标准的“复制、剪切和粘贴” 操作只能在 完成，并且必须使用“、 以及 ”来完成，这也是这个所谓的外部 最重要的优点。 加载文件，有二种方法：1. 在 选择 使用命令行： 如我们现在从 下载了一个离子通道蛋白的 件（名字为 后用 开它： 下图：基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而 开件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的 口里面的，当然看起来就很乱了。 这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。 先说说鼠标吧。 任意旋转图像： 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。 放大/缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。 移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。 设定图像旋转中心： 鼠标中键或滚轮。 移动剪切平面： 标右键。 鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。 最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。 配合下面的示意图你会发现 这项设定其实很方便。 今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用 形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。 习笔记（三）：基础 令这里主要介绍一下 一些基本命令操作。 就像 样，要想更好的操作 握一些常用的命令是必不可少的。 区分大小写的，不过目前为止 是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用 完成一个项目时，你也许想会让 动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。 这个可以通过创建一个 件来达到，记住， 样支持 命令补全： 果你想终止记录，只需要键入： 了，现在载入 件（继续前用的 件）： 在 创建了一个叫 2对象，你可以在内部 口里面看见这个项目的名字。 但是你也可以自己定义该项目的名字（如 面说说如何来操作你新建的对象。 首先： 中 以为： 用这 2 个命令可以让 不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： 们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有 2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让 显示当中的一个分子呢。 首先输入如下命令： 个命令的作用是让 蛋白质结构中的“链” 编号，你会发现，第一个分子由“链”AE 组成，第二个则由 FJ 组成。 好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”AE 或者 FJ 去掉即可： f+g+h+i+j 上面的东东还可以这样完成： f+g+h+i+面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为 后在第二句命令中隐藏它。 这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。 并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。 比如你可以： 样你会得到：说到这里就提到了 一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是： 中名字可以由字母A/aZ/z ，数字09已经下划线_ 组成，但是要避免使用： ! # $ % & * ( ) " | ? / 如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以： 面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。 预定义的颜色名字可以在外部 口的 找到： 如我们可以： ss ss ss l+"" 其中“代表 h”代表 s”代表 l+""代表 所以其他结构。 这 3 句的作用分别是把所有的 成红色；把所有的 成黄色；把所有的 及其他部分变成绿色，于是我们得到：以同时打开多个 件： 果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样： 也可以用 令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。 用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如 等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。 放大选定目标： 向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示： 也可以用 令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式： 中“你随便给当前视角定的名字，“以为：者 果不加任何“则默认为 了这么多，最后说说如何保存文件吧。 3 个层面的保存方式，下面来分别说说。 1. 使用 令把你所有使用过的命。